Před Sušicí se zmírňuje její rychlost a protéká údolím. Od tud je Otava, vyjma déle trvajícího sucha, sjízdná celoročně (pokud není zamrzlá). A proto je oblíbeným startovním místem, na vícedenní putování po Otavě Vodácký kemp v Sušici. Který je cca 150m od vlakového a autobusového nádraží. Autem se zde nechá zajet přímo k řece, po vyložení lodí lze parkovat v kempu na vyhrazených místech, také zdenaleznete naši půjčovnu lodí, raftů, hoských kol Otava tour
Dále řeka plyne k Žichovicím, dlouhým obloukem obtéká zříceninu hradu Rabí, pokračuje k Horažďovicím po té směřuje ke Strakonicím. Tam se do Otavy vlévá zprava její další větší přítok - Volyňka. Od Strakonic směřuje tok Otavy k městu Písku. Ještě před ním se do ní vlévá zprava řeka Blanice. V Písku překlenuje vodní tok Otavy kamenný most ze 13. století, jeden z nejstarších dochovaných kamenných mostů ve střední Evropě. Od Písku protéká Otava hlubokým a úzkým údolím až k horní části Orlické přehradní nádrže. Posledním větším přítokem Otavy před jejím ústím do Vltavy je Lomnice, jež se do ní vlévá z levé strany před hradem Zvíkovem.